تضم قائمة الفروع الإقليمية لجهاز شئون البيئة عدد من افرع الجهاز فى المحافظات تصل إلى 17 فرعا، والتى تعمل على تحقيق منظومة لا مركزية الإدارة البيئية، وتسعى إلى تفعيل دور المحافظات فى متابعة وإدارة الأنشطة التى تتعلق بتحسين حالة البيئة، على المستوى المحلى، وكذلك الحفاظ على الموارد الطبيعية، حيث قام جهاز شئون البيئة بإنشاء شبكة من الفروع الإقليمية مدعمة بشبكة من معامل القياسات البيئية، وكذلك تطوير ودعم مكاتب شئون البيئة بالمحافظات.
شملت القائمة فرع القاهرة الكبرى، وغرب الدلتا (الإسكندرية)، ووسط الدلتا (مدينة طنطا، وشرق الدلتا (المنصورة)، والسويس، والشرقية، والبحر الأحمر (الغردقة)، ووسط الصعيد (أسيوط)، وجنوب الصعيد (أسوان)، والبحيرة، والفيوم، والوادى الجديد، وقنا، والأقصر، والمنيا، وسوهاج، وشمال سيناء.
وكان صدر القرار الوزاري رقم 187 لسنة 1995 بشأن إنشاء ثمانية فروع إقليمية تابعة لجهاز شئون البيئة مقرها (القاهرة الكبرى – الإسكندرية - شرق الدلتا - وسط الدلتا – السويس - البحر الأحمر – أسيوط - أسوان)، كما صدر القرار الوزاري رقم 111 لسنة 2010 بشأن إنشاء ثلاثة فروع إقليمية تابعة لجهاز شئون البيئة مقرها (الشرقية – الفيوم - الوادي الجديد)، وتم صدور القرار الوزارى رقم 56 لسنة 2000 في شأن تحديد اختصاصات الفروع الإقليمية بباقي وحدات جهاز شئون البيئة وذلك بناء على قرار مجلس إدارة جهاز شئون البيئة في هذا الشأن، وتم صدور قرار السيد الرئيس التنفيذي لجهاز شئون البيئة رقم 17 لسنة 2001 بشأن سياسات ودليل عمل الفروع بتاريخ 14/3/2001.
