يعتبر مجلس كنائس مصر مؤسسة تجمع فى عضويتها خمسة كنائس مصرية تمثل الطوائف المختلفة، الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، والكنيسة الإنجيلية، والكنيسة القبطية الكاثوليكية، وكنيسة الروم الأرثوذكس والكنيسة الأسقفية، حيث تأسس عام 2013، وهو أول كيان يجمع الطوائف المصرية معا.
ويسعى المجلس لنبذ أية خلافات مذهبية ومحاربة التعصب والتطرف بين المسيحيين بعضهم البعض، دون أن يتدخل فى معتقدات كل طائفة، وينظم مؤتمرا يتجمع شباب الكنائس عبر لجانه المختلفة.
ويضم مجلس كنائس مصر الكنائس الخمسة الأرثوذكسية والكاثوليكية والأسقفية والإنجيلية، حيث أنشئ يوم 18 فبراير 2013م، ومن الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، وفى حضور رؤساء الكنائس المصرية، أعلن تأسيس مجلس كنائس مصر، كما أُعلن عن أهدافه، وطبيعته، وأعضائه، ويلاحظ أن هذا تم فى الشهور الأولى لبابوية قداسة البابا تواضروس الثانى
